Az egyes biotechnológiai termékek bioszintézisének megvalósításán túl komoly technológiai feladatot jelent ezen anyagok kinyerése és tisztítása. A rendkívül összetett biológiai rendszerekből egyetlen komponens kinyerése csak többlépéses, optimált műveletsorozattal valósítható meg. A feldolgozási kérdések fontosságát jelzi az a tendencia, hogy a legmodernebb termékek, a rekombináns fehérjék elállításának költségeiben a termék izolálása és tisztítása eléri a 80-90%-ot is.
Az összeállított tananyag felépítésében a feldolgozási folyamat logikájára épül. Előbb a sejtek elválasztásának műveleteit (szűrés, centrifugálás), és a sejtfeltárást tárgyalja, majd a koncentráló műveletek (extrakció, adszorpció, membránműveletek, csapadékképzés) következnek. Ezt követik a tisztítás és
végtisztítás műveletei, mint a kristályosítás és a szárítás. A sort olyan finomkémiai műveletek zárják, amelyek csak laboratóriumi, vagy preparatív léptékben alkalmazhatók (affin-műveletek, elektroforézisek, fókuszálások).
Az anyag szintéziseként végül műveletsorok, technológiák kerülnek bemutatásra, így a zárványtestek (inclusion body) feldolgozása, a citromsav és a monoklonális antitestek (Mab) feldolgozási technológiája.